En el sorteo que se realizó en Luque, Paraguay, el “Xeneize” ocupó el bombo uno gracias al ranking Conmebol por lo que esquivo posibles fuertes rivales, y en caso de pasar, enfrentará al ganador de Independiente de Santa Fe o Deportes Iquique.
De la mano de Fernando Gago, Boca consiguió la clasificación al repechaje de la Copa Libertadores gracias a un gran sprint final en la Liga Profesional de Fútbol, en la que cosechó cinco triunfos y dos empates en las últimas siete fechas.
La edición 2025 podría significar el retorno de Boca a la fase de grupos de la Copa Libertadores, luego de ausentarse en el 2024 por jugar la Copa Sudamericana. En el caso de que el conjunto de la Ribera no llegue a la fase de grupos, para clasificar a la Sudamericana deberá al menos, perder en Fase 3.
El primero de los sorteos fue el de la Fase 1 donde Blooming (Bolivia) irá frente a El Nacional (Ecuador), Nacional de Paraguay ante Alianza Lima (Perú) y Monagas (Venezuela) lo hará frente a Defensor Sporting (Uruguay).
Por consiguiente, en la segunda fase los duelos quedaron de la siguiente manera:
- Deportes Iquique (Chile) - Independiente Santa Fe (Colombia) (C1).
- The Strongest (Bolivia) - Bahía (Brasil) (C2).
- Ganador de Monagas/Defensor Sporting - Cerro Porteño (Paraguay) (C3).
- Ganador de Blooming/El Nacional - Barcelona (Ecuador) (C4).
- Universidad Central (Venezuela) - Corinthians (Brasil) (C5).
- Representante Colombia (Millonarios o Deportes Tolima) - Melgar (Perú) (C6).
- Boston River (Uruguay) - Ñublense (Chile) (C7).
- Ganador de Nacional (P)/Alianza Lima – Boca (C8).
A su vez, los ganadores de esta segunda fase definirán los últimos cuatro cupos a la Copa Libertadores y los cruces serán entre: